А зачем чистить?
У меня по каждой тематике свой проект. Я в проект добавляю новые файлы и при работе с ними я могу одновременно вносить корректировки в уже готовые переводы, тем самым улучшая наработанную ТМ. То есть если переводе текста? я понимаю что термин до этого переводился неверно, я нахожу этот термин во всех сегментах и исправляю его, даже если я этот перевод делал 2 года назад к примеру.
Если остаются ничейные сегменты, то - это устаревшие переводы из ТМ, которые я не использую.
Если я возьму сгенерированную ТМ из корня и положу в папку /tm, я не смогу через омегу вносить правки в эту TM, если потребуеся, а TM при переводе я чищу часто
Если сильно надо, скопируйте <название проекта>-omegat.tmx в рабочий накопитель проекта (\omegat\project_save.tmx).
Поскольку моя TM - часть проекта, мне нужны теги. Если я возьму TM level2 и переименую в project_save.tmx, теги не уйдут?